1 、免疫存在空档期H9N2都采用灭活油苗免疫预防，免疫注射油苗，仅仅产生循环抗体，且产生抗体速度较慢，一般需要2周以上产生可以起到保护作用的抗体滴度，故存在短暂的免疫空白期让病毒入侵。
2、只有灭活疫苗，缺乏粘膜保护油苗免疫主要是体液免疫，作为病毒主要入侵的呼吸道却没有合适的活苗作为基础免疫或者加强免疫，因而缺乏局部粘膜屏障的保护，不能有效阻止H9病毒进入体内。进入体内的H9病毒被体内循环抗体中和，很快中和已经产生的体液循环抗体，导致免疫效果很快失效，大量病毒继续进入，导致体内组织器官损伤，包括免疫器官等组织，从而造成混合感染，发病损失很大。
3 、同一血清型出现不同分支，交叉反应差在疫苗的选择压力下,近年来毒株间抗原性发生了变化, 疫苗保护率在下降。大量文献也证实H9N2亚型禽流感病毒灭活疫苗免疫试验不同病毒疫苗之间交义免疫原性差，不能提供完全的免疫保护，提示H9N2亚型禽流感的防治疫苗候选株应在严格抗原性分析的基础上及时更新。
4、多宿主感染，传染源难于控制目前国内养禽业主要是公司加农户模式，一个区域内同时饲养各种批次的鸡只，虽然某个养殖户能做到全进全出，但针对这个小区域而言做不到，因而不能做到免疫同步，病毒通过气溶胶飞沫传播，传染性强；传播快，很难清除，使得病毒有了生存的空间，大环境很难控制。
5、现有疫苗具有局限性疫苗是否具有良好的保护率，主要从两个方面决定，一是保证疫苗血清型和亚型一致；二是疫苗中足够的抗原量。目前市场上有很多厂家的灭活苗，每个厂家的质量不一，抗原含量有高有低，导致免疫鸡群抗体水平不一致，鸡群零星发病。