①猪的饲养密度，单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵状态就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。目前，一般的密度为每100平方米养65—70头。②注意床面不能过于干燥，如过于干燥，猪易患肺炎，可定期在席面喷洒活性剂。③入圈生猪事先要彻底清除体内的寄生虫。④要密切注意土着微生物菌的活性，必要时需加活性剂来调节土着微生物菌的活性，以保证发酵能正常地进行。
  发酵床养猪的缺点：

   日本、韩国等国家地处亚寒带，在实践过程中确实效果明显，但在我国不少地区，许多养猪人经过试验后却发现发酵床养猪法也存在不少不足之处，主要体现在以下几个方面：
      1 发酵床养猪法猪舍内不能使用化学消毒药品和抗生素类药物，如果使用，将杀灭和抑制微生物（所谓的益生菌），或抑制其繁殖，使得微生物的活性降低，虽然推广的商业机构强调发酵床养猪疾病较传统饲养发病率会下降，但不是不会发生，而当猪场和猪群发生呼吸道疾病时，养猪同行面临着两难的选择，不用药，猪生长速度缓慢，成活率和生长速度、饲料报酬均降低，利益得不偿失，另外，所谓的益生菌是不可能抑制病毒，当猪场发生蓝耳病、圆环病毒等常见病毒性疾病，或者口蹄疫、猪瘟等烈性传染病时，连化学消毒药都不能使用，单纯靠隔离治疗疫病是不可能受控制的，但一用药就不能再发酵了，并且病毒将长期存在在发酵床养猪猪舍的温床上，一旦发病将损失惨重。  
   发酵床养猪猪只不可能不会得病，菌种在这个浓度下是很脆弱的，相对于这些年来养猪造成的耐药菌根本不是对手。
  2  建设成本高，猪舍占地面积大，100平方米只能养50-70头猪（每头猪占地面积1.5平方米），而目前规模化养猪可饲养100头，现有的猪舍不能用，要一大笔费用来改造（要垫3尺厚的锯木，而且要杂木的）。
  3  养猪成本不一定能下降。有些发酵床养猪法的推广者强调一次性喷洒菌液可以维持很长时间的菌种生长。要知道，菌种的生长是和垫料的组成以及温湿度直接相关。就目前所呈现的比较粗犷的垫料组成（甚至垫料的组成成分还可以根据当地资源进行调配），能否对菌种的生长提供适宜的条件呢？显然不行，那就需要定期喷洒，但菌液的成本代价又是非常高的，因为对浓度要求比较高，势必会增加成本。另外，猪在猪栏活动范围大，跑来走出消耗能量，饲料转化率可能下降。
  4  发酵床是靠木屑、米糠等粉状物吸收猪的排泄物，而猪有拱食的习惯，木屑、米糠等粉状物会因为猪 拱食物进入呼吸道，造成呼吸道疾病。
  5  发酵后在垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪有拱食的习惯，猪只采食霉菌毒素后,常引起免疫抑制，抵抗力下降，饲料报酬不升而降。  
  6  夏季猪舍内温度过高，影响猪的生长发育，日本是高层养猪，很多猪场猪舍内均装有空调，而发酵床养猪猪舍内发酵起来温度太高，夏天不利于猪的健康生长。特别是在我国的南方地区，本来气温就很高，发酵散热虽然表层温度并不高，但使猪所处的环境温度上升，猪只生长速度缓慢、饲料报酬有所下降。
   7  床面湿度必须控制在 60% 左右，湿度过低不利于微生物繁殖，并会导致猪发生呼吸系统疾病，而湿度过高猪寄生虫病危害严重，猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病，而且皮肤病危害严重。
   8  发酵床养猪法猪群转群较为不便，饲喂也较麻烦，如果没有配合较先进的饲喂设备，饲养员的劳动量不一定能降低。
   9 由于猪舍是半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。而且单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵速度就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。  

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