目前，微生态制剂在畜禽业中已得到广泛的使用。但在使用过程中也出现了很多问题：
（1）微生态制剂在运输、使用和保存过程中易于失活；
（2）有些菌株进入消化道内不能有效抵抗盐酸、胆汁酸的作用，从而无法定植肠道内发挥作用；
（3）目前使用的微生态制剂菌种还较少，仅有乳酸杆菌、双歧杆菌、链球菌及酵母菌等少数菌种；
（4）而且，除乳酸杆菌和双歧杆菌外，其他制剂在肠道内的作用机制尚不清楚[9]。
现在国内外对微生态制剂的研究热点也主要集中在上述几方面，微生态制剂未来发展应朝着能够获得一种或几种可靠的自始自终能产生良好作用的微生态制剂使用菌种，相信在将来微生态制剂能够为我们的畜牧业做出更大的贡献。