到目前为止,在当前的动物疫病大流行中,已经报道了位于世界不同地区的超过48种哺乳动物物种自然感染了H5N1病毒。大多数物种(35种)属于陆生或半水栖哺乳动物,但有13种海洋动物也遭受影响,在秘鲁、智利和阿根廷等地区造成了大规模死亡(多达数千只个体动物)。在受感染的哺乳动物总数中,81%为食肉目,其余为负鼠目(Didelphimorphia)、啮齿目(Rodentia)和偶蹄目(Cetartiodactyla)。受感染的哺乳动物包括顶端食肉动物(如美洲狮 mountain lion/Puma concolor)和几种中型食肉动物(如红狐 red fox/Vulpes Vulpes)。受感染的大多数动物物种属于肉食动物(34种)和杂食动物(13种),然后是草食动物(1种);其中一些物种也被认为是兼性食腐动物(它们的食物中含有相当数量的腐肉)。
历史疫情和此次疫情中受到感染的物种比较相似。大多数物种属于食肉目,为肉食性的顶端食肉动物或中型食肉动物;有些物种也属于兼性食腐动物。但是不同之处在于,在当前的H5N1动物疫病大流行中,出现了各种海洋动物(如,美洲海狮 American sea lion/Otaria flavescens)受影响而大规模死亡的情况。海洋哺乳动物曾经也受到过其它流感病毒的影响,如H10N7,但当前疫情中受影响的动物种类及所造成的死亡动物个体数量令人深感忧虑;例如,在秘鲁死亡的美洲海狮占其当地种群数量的比例为5%。