甲硝唑为抗阿米巴和滴虫的药物，对各种厌氧菌感染也有良好的治疗效果，且不易形成耐药菌株，菌群失调和二重感染，与常用抗生素合用无拮抗作用。根据近几年来的临床实践经验，证明该药对治疗鸡生殖系统疾病及一些传染病引起的生殖系统炎症的效果良好。
1.治疗蛋鸡腹膜炎
2012年6月某养殖户的150日龄的蛋鸡5000只，由于邻居办喜事放鞭炮造成30%的蛋鸡产软壳蛋、薄壳蛋及砂壳蛋。在临床上虽无异常，但见部分鸡腹部膨满，其行动也变得缓慢。剖检时发现大部分的产蛋鸡有腹膜炎的病变表现，大量的卵黄或有卵壳的卵流出或坠落在腹腔。刚开始时变化不明显，随病变程度增加，肠道的浆膜或肠间隙开始，至内脏腹膜囊内的各脏器表面，因附着卵黄而着色。病变严重后，在内脏腹膜囊内会贮留卵黄样的粘稠腹水，或含有干酪样小块的腹水，掉落于内脏腹膜囊内的卵呈凝固状，切面呈层板状。
治疗：应用输卵管药物加甲硝唑联合治疗，即用输卵管药物，饲料中加入甲硝唑0.8g/kg，连续使用4～5天。用药后第4天产蛋率回升，不再出现卧地不起，拉蛋黄样粪便的鸡，用至第5天产蛋率回升到80%，再巩固用药3天，鸡完全恢复产蛋。
2.治疗蛋鸡弧菌性肝炎
2011年7月新乡李某饲养的255日龄的蛋鸡3000只，有5%的鸡精神萎顿，冠、髯萎缩、消瘦、拉黄绿色稀粪，且该鸡群不断出现零星死亡达一个月的时间，产蛋率下降到75%。经剖检病鸡可见主要的病理变化在肝脏，肝脏肿大，色淡，质地变脆易碎，表面有灰白色至灰黄色“雪花样”坏死灶或有斑点状的出血灶。部分病例可见肝脏被膜破裂导致大量出血。根据病鸡肝脏的特征性病理变化，初步诊断为弧菌性肝炎。后采取病鸡肝脏或胆汁分离的病原菌，进行人工发病，复制病例后进一步确诊。
治疗：饲料拌入甲硝唑0.8g/kg，连续使用7天，停药2～3天，再用一周治疗效果良好。
3.治疗育成鸡组织滴虫
鸡的组织滴虫病是由火鸡滴虫引起雏鸡和火鸡的一种以肝脏坏死和盲肠溃疡栓塞为特征的原虫病，本病又称为“黑头病”或“盲肠肝炎”，也是夏季育雏常见的疾病，我接触此病较多，特别典型病例是2012年8月朱某饲养的75日龄的育成期罗曼蛋鸡2500只，出现精神沉郁，厌食，生长迟缓，羽毛松乱无光泽，打堆，下痢，粪便恶臭，呈淡绿色和暗绿色糊状，部分鸡消瘦，皮肤、冠、肉髯发绀。剖检病鸡可见肝脏表面形成大小不一，圆碟状的黄褐色坏死灶，盲肠一侧或两侧高度肿胀，盲肠腔内有纤维素性渗出物及粪便混合形成的坚实“肠芯”盲肠粘膜及粘膜下层甚至肌层充血、出血、溃疡。随便取盲肠内溶物制成悬滴标本在显微镜下观察，会发现活泼的呈钟摆样运动的组织滴虫虫体。
治疗：饲料拌入甲硝唑0.8g/kg，连续使用5天后恢复健康。