【分享】传染性支气管炎病毒（IBV）在中国的流行历史
IB 于 1931 年在美国首次被描述为一种鸡呼吸道疾病。1965年，世界上第一个人类冠状病毒从普通感冒患者的鼻涕中分离出来。1975年，冠状病毒被国际病毒命名委员会（现更名为国际病毒分类委员会（ICTV））正式命名为冠状病毒科，目前根据病毒分类将冠状病毒科分为冠状病毒和环病毒两个属。病毒血清学特征和核苷酸序列差异。常见的重要冠状病毒如SARSV、IBV、TGEV、PEDV均属于冠状病毒属。
IBV在中国已有60多年的历史。1958年，中国台湾省爆发IBV疫情。基因型 TW-I 和 TW-II 在 20 世纪 90 年代初首次被鉴定，并被认为是不同的基因型。1972年，IBV首次在中国大陆的一个家禽养殖场被报道。IBV 随后迅速成为家禽业最重要的病原体之一。根据IBV的组织嗜性，IBV分离株初步分为肾病型、输卵管型、腺胃型或肠型。随着分子生物学技术的进步，IBV分离株的系统发育分类开始根据全长S1基因将IBV分离株分为9个基因型、38个谱系，基因型已成为IBV分离株分类最常用的方法。
基因型 I 包括 30 个不同的病毒谱系（暂时命名为 GI-1 至 GI-30），而其余各基因型均由一个病毒谱系组成。
图1中国IBV历史上的主要代表性事件
基因突变和重组（尤其是S1基因）可能会产生变异或新的基因型。过去 3 年中出现的许多 SARS-CoV-2 变种告诉我们，包括 IBV 在内的所有冠状病毒的突变率都很高，这可以诱导可能导致疾病的新病毒类型的出现 。由于我国独特的地理地貌和气候环境差异较大，以及我国南北地区饲养品种和饲养方式的不同，不同时期、不同地区IBV的流行特点不同，IBV基因型和种类也多种多样。
中国的变体GI（GI-1、GI-2、GI-3、GI-4、GI-5、GI-6、GI-7、GI-13、GI-16、GI-18、GI-19、GI-22，近几年中国已报道了GI-28和GI-29）、GVI-1和GVII - 1（18、24-26）。在这些报道的病毒谱系中，比较有代表性和重要的基因型是QX（GI-19）和4/91（GI-13），它们是中国的优势谱系。据悉，2019年4月至2020年3月，华南地区分离出93株QX毒株和19 4/91株，分别为华南地区第一株和第二株流行毒株。此外，TW（GI-7）和SAIBK（GI-22）偶尔在一些地区引起流行。GI-28、GI-29、GVII-1是近年来分离出的新基因型（图2）。
图2 . 基于IBV S1基因核苷酸序列分析的遗传系统发育树
IBV参考毒株的143个S1基因序列被聚类成具有30个GI谱系的GI-GIX基因型。中国所有支线均突出显示。
腺胃型IBV QX株于1996年首次从青岛病鸡群中分离得到，代表株LX4于1999年从新疆病鸡中分离得到，与韩国肾病分离株KM91具有高度的核苷酸相似性。后来，一些与QX样毒株相似的IBV毒株被鉴定出来，并成为中国的优势流行毒株。随后，类似的病毒于2001年在东欧和其他欧洲国家包括英国。
现在，QX 样型 IBV 作为 GI-19 组的成员，由于其广泛的流行和分布以及与疫苗株和现场毒株的重组，代表了全球最重要的 IBV 基因型之一。从接种 H120 和 4/91 疫苗的鸡中分离到一株新型低毒力呼吸道 IBV ck/CH/LJX/2017/07（简称 JX17），并被证明是 QX、TW 和 4/91 基因型菌株的重组株。一种高毒力的 QX 样 IBV 菌株 CK/CH/JS/TAHY 显示出典型的临床症状，包括咳嗽、流鼻涕和伴有严重尿酸盐沉积的肾脏损伤。QX样IBV新株不仅可以从具有严格免疫程序的集约化家禽养殖场中分离出来，而且还表现出多种临床症状，这表明很难根据组织向性来区分变种。
第一个已知的4/91（也称为793/B和CR88）血清型分离株于1985年在法国分离出来，然后于1990年冬天进入英国（8,36,37）。随后，这种血清型在大多数欧洲国家和世界许多其他地区流行，但其结构和抗原性似乎没有显着改变，因为最初设计的疫苗继续提供有效的免疫力。2003年，中国分离出第一个4/91血清型毒株，分离株命名为Taian-03（也称TA03）。此后，4/91血清型病毒株被发现并在中国流行（39）。更重要的是，4 / 91疫苗和野毒株涉及的基因重组导致了几种新毒株的出现，并进一步增加了传染性支气管炎病毒的遗传多样性和复杂性。
新型GI-28分离株CK/CH/SCMY/160315被发现是源自减毒活疫苗株H120（GI-1）、4/91（GI-13）、LDT3-A（GI-13）的多重重组株。 28) 和现场菌株 LJL/08–1 (GI-19) 。很可能，IBV 株 ck/CH/LHLJ/140906 也是亲本 IBV 株 4/91 和 H120 的天然重组株。先前的研究表明，4/91型毒株更容易发生重组，因此4/91型疫苗应谨慎使用。
TW基因型是一种重要的基因型，最近开始成为中国大陆最常见的基因型。IBV台湾株分为TW-I和TW-II基因型，并归入同一谱系GI-7。由于台湾和中国大陆之间的地理障碍，IBV台湾株在进化上与中国大陆的IBV分离株不同。20世纪90年代以后，中国大陆经常分离到具有典型肾炎症状的TW-I基因型菌株。以呼吸道症状为特征的TW-II基因型毒株是20世纪90年代前从中国台湾分离出来的，目前在中国大陆分离到该基因型病毒很少见。自2009年以来，中国大陆TW-I基因型IBV的患病率从7.5%（2009-2010年）上升至27.4%（2013-2015年）。值得注意的是，由于广泛疫苗接种和近距离的选择性压力，TW-I 基因型在中国南方三个省份广东、广西和福建占主导地位。
中国的基因型 I IBV 中增加了两种新的血清型。根据S1序列分析和病毒交叉中和试验的结果，发现IBV毒株ck/CH/LGX/111119在遗传和抗原性上与其他已知IBV类型不同，并命名为GI-28。它是一种具有更广泛组织嗜性的肾病菌株，可能是 LX4 基因型 (GI-19) 和尚未鉴定的 IBV 的重组 。随后，在中国不同地区分离到许多GI-28基因型IBV毒株，如CK/CH/SCMY/160315毒株和GX-NN-13毒株。另一种新基因型（GI-29）IBV毒株，包括γCoV/ck/China/I0111/14、γCoV/ck/China/I0114/14和γCoV/ck/China/I0118/14，是从中国南方广西分离得到的。是三种肾病致病菌株。
GVII-1基因型是中国另一个新的IBV谱系。GX-NN130021株是2013年从中国广西省接种H120疫苗的疑似IBV阳性21日龄病鸡中分离得到的，被定为新I型。2016 年 1 月至 2017 年 12 月中国禽 IBV 遗传多样性流行病学研究显示，根据 S1 基因全核苷酸序列分析，发现与 GX-NN130021 株高度同源的新变种 I0636/16。直到2019年，基于详细的系统发育分析和序列比较，I0636/16和GX-NN130021菌株均被分为GVII-1基因型。同时，病毒交叉中和结果显示GVII-1与目前的基因型谱系在抗原性上有所不同。GVII-1基因型已在中国流行9年。
来源：鸡保姆
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